1945年の日本の敗戦により民族解放が実現した。在日同胞は8月18日に杉並で「在日朝鮮人対策委員会」が組織されたのを皮切りに、全国で数多くの同胞団体が組織された。しかし、こうした群小組織を一体化するため同年10月に結成された「在日朝鮮人連盟（朝連）」は、発足当初から共産主義の左派が独占するようになり、これに不満を抱いた同胞青年たちは11月に「朝鮮建国促進青年同盟」を組織した。
同年11月、秋田刑務所から出所した戦前からの同胞指導者であり、後に民団初代団長となる「朴烈」は、左派に独占されていた朝連に入ることを拒否し、共産主義化に反対し決起した「朝鮮建国促進青年同盟」と「新朝鮮建設同盟」を主軸として民主勢力を糾合、共産主義者らの妨害をのりこえて1946年10月、日比谷公会堂で2000名の同胞が集い「在日朝鮮居留民団」を結成した。
東京においては、12月に豊島、板橋、練馬の3区連合支部が結成され、翌47年2月に文京、台東、北、墨田、江東、江戸川による6区連合支部と、中野、新宿、世田谷、目黒、渋谷の5区連合支部が相次いで結成された。
民団東京本部は、こうして結成された各支部組織の代表が集い、1947年2月28日に文京区内において「在日朝鮮居留民団東京本部」結成大会を開催し、今日の民団東京本部がスタートした。
民団は1948年、韓国政府の樹立とともに在日同胞の公認団体として同年9月、正式に認められた。また、韓国動乱の時には祖国防衛のために641名の青年学徒義勇軍が編成され、第一線に参戦している。